インタクトタンパク質と天然のタンパク質構造をより深く理解

ネイティブ質量分析(MS)はタンパク質の特性解析に広く用いられる手法として、台頭しつつあります。ネイティブ MS はインタクトタンパク質とその非共有複合体を、溶液相とガス相の両方でタンパク質の非共有相互作用を保持したまま分析します。これにより、構造的特徴をそのままに、天然と同様の折りたたみ状態で解析できるようになります。ネイティブ MS により、インタクトタンパク質と翻訳後修飾の特性解析に関する知見のみならず、タンパク質やその他の生体分子の二次、三次、さらには四次構造に関する知見を得ることもできます。ネイティブ質量分析は、タンパク質-タンパク質相互作用、タンパク質-リガンド結合、タンパク質複合体の構造、タンパク質折り畳み、抗体薬物複合体など、多くのタンパク質ベースのアプリケーションに使用できます。ネイティブ MS 分析の大半でナノエレクトロスプレー手法が使われていますが、この手法は現在、大きな課題に直面しています。アジレントは、天然のタンパク質の分析には、標準の LC フローを利用した堅牢で感度に優れた LC/MS メソッドの使用を推奨しています。

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堅牢で感度に優れたネイティブ質量分析

タンパク質の折り畳みと安定性のネイティブ IMS/MS 研究

ExD Q-TOF が、折り畳まれていない領域の LC/MS によるシーケンシングと同定を可能にした後、タンパク質複合体における電子ベースのフラグメンテーションをどのようにして実現するのかをご覧ください。

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高分子量タンパク質と複合体のネイティブ MS および IM-MS

静的ナノエレクトロスプレーイオン化により、Agilent 6545XT LC/Q-TOF および 6560 IM-Q-TOF で、高分子量タンパク質複合体(>100 kDa)を MS および IM-MS 分析することができます。

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ネイティブ MS で常に正確な結果を

天然タンパク質の分析に標準の LC フローを利用し、堅牢で高い感度の LC/MS メソッドを取り入れたネイティブ MS のための新しいワークフロー。

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カラムと消耗品の選択を簡単に

アジレントは、分析に適したカラム、標準、試薬、消耗品を簡単にお選びいただけるオーダーガイドとセレクションツールをご用意しております。アジレントは、お客様が必要とする分離能と性能を得られるようお手伝いします。




注目のアプリケーションノート

Agilent Infinity III Bio LC システムを PEEK ライナ付き Agilent AdvanceBio SEC カラムとともに使用した場合、流路内でステンレス成分との非特異的な相互作用が見られますが、適切なクロマトグラフィー性能と高分子量種の回収を保証するには、この相互作用の軽減が最も重要です。このアプリケーションノートでは、分離性能への影響を抑えながら、従来のリン酸塩移動相を MS 対応の酢酸アンモニウムとうまく交換することが可能で、優れたネイティブ MS 測定が得られることを示します。

    

天然インタクトタンパク質複合体を質量分析するには、非揮発性生物学用バッファから揮発性水溶性バッファとイオン化メソッドへ移行するときに、非共有相互作用を維持する必要があります。これらのメソッドはネイティブコンタクトを維持し、検出前のアンフォールディングや分離を最小限に抑えます。カスタムの静的 nESI ソースにより、Agilent 6545XT AdvanceBio LC/Q-TOF MS で、分子量が 800 kDa を超える水溶性タンパク質、膜タンパク質、シャペロニンタンパク質複合体などほんの数マイクログラムのタンパク質を使用して、大きな生体分子の質量スペクトルを明確に分離して、取得することができます。天然タンパク質の質量スペクトルから低アバンダンス混入異物が同定され、また、天然のインタクトシャペロニン複合体と、インソース解離で排出された低次のオリゴマー生成物が観察されました。これはインタクトな高分子に対する 6545XT の卓越した感度と分解能を示しています。

   

Agilent 1290 Infinity III Bio LC システムと Agilent AdvanceBio SEC カラム、拡張質量範囲最大 m/z 30,000 の Agilent 6545XT AdvanceBio LC/Q-TOF システム、および MassHunter BioConfirm ソフトウェアを使用した、天然タンパク質分析のための高感度で堅牢な LC/MS ワークフロー手法をご紹介します。

   

このワークフローには次のようなメリットがあります。

  • 一般的な LC 分析流量でオンライン SEC カラムを使用することで、ナノスプレー ESI 分析に関連する困難な問題(タンパク質の凝集体や不安定スプレー流量)を回避。
  • 高分子 SWARM オートチューン機能と 6545XT AdvanceBio LC/Q-TOF システムの拡張質量範囲により、天然インタクトマクロタンパク質複合体を高い感度で検出し、特性解析を実現。
  • 最適化されたネイティブ MS 条件が ADC 特性解析に高い信頼度をもたらし、正確な DAR 値を算出。

    

結合された薬物と mAb との比(薬物抗体比または DAR)は、有効性と安全性に影響を与えるため、抗体薬物複合体(ADC)開発の重要品質特性(CQA)の 1 つです。ADC 分子の特性解析には通常、2D-LC/MS が使用されています。このアプローチでは、疎水性相互作用クロマトグラフィー(HIC)カラムと逆相(RP)カラムが質量分析計と組み合わせて使用されます。しかし、多くの ADC 製品は、有機溶媒および酸性溶媒の条件下で分解されます。このアプリケーションノートでは、この障壁を克服する新しい 2D-LC アプローチについて説明します。このメソッドでは、HIC、マルチハートカット(MHC)、その後のサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)による脱塩および分離をオンラインでネイティブ MS 分析とともに使用します。このワークフローでは、Agilent 1290 Infinity III 2D-LC システム、Agilent 6545XT AdvanceBio LC/Q-TOF システム、Agilent MassHunter Workstation ソフトウェア、および Agilent MassHunter BioConfirm ソフトウェアを使用します。

   

このネイティブ MS 分析メソッドを使用すると、ADC サンプルに対して高精度の平均 DAR 値が得られるだけでなく、クロマトグラフィーによる優れた分離を実現でき、インタクトネイティブ構造が保持され、さまざまな DAR のすべての ADC に対して高い精度のインタクト質量測定を実行できます。

     


Mass Spectrometry, Large Biomolecules, and the Science of “More”

Dr. Brandon Ruotolo, Professor and Associate Chair for Research at the University of Michigan, explores how native mass spectrometry pushes biomolecular analysis further—delivering richer and faster structural insights at unprecedented scale.

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