オリゴヌクレオチドは、さまざまな疾患の治療に有望視されている短い核酸鎖です。オリゴヌクレオチドの合成では、ターゲット物質と、密接に関連する破損配列を含むさまざまな不純物の両方が生成されます。また、これらの不純物は、目的のオリゴヌクレオチドの品質、安定性、および効能に悪影響を与える場合があります。信頼性の高い分析には、高度な技術が必要になります。アジレントは、オリゴヌクレオチドの純度と不純物を高精度で分析し、特性解析の信頼性と再現性を向上させるのを支援する、包括的なソリューションポートフォリオを提供しています。
合成オリゴヌクレオチドの開発に伴い、その特性解析のための堅牢な分析メソッドと使いやすいデータ解析ワークフローに対するニーズが生じています。包括的なワークフロー、実績のあるメソッドをご紹介します。また、多様なオリゴヌクレオチド分析ワークフローの促進に役立つリソースを豊富にご用意しています。
Arrowhead Pharmaceuticals が、配列確認および不純物分析に LC/MS を使用して、オリゴヌクレオチド開発を推進する方法をご覧ください。
API と不純物の類似性が、オリゴヌクレオチド分析を困難にしています。イオンペア RP 分離を用いた信頼性の高い分離メソッドをご覧ください。
オリゴヌクレオチドの密接に関連する配列やジアステレオマーを分離および同定するには、高い感度と特異性の両方が必要になります。アジレントは、ダウンストリームの品質管理に容易に導入できる、信頼性の高いオリゴヌクレオチド純度評価ワークフローの開発を支援する多様なツールを提供しています。
一般的なオリゴヌクレオチド不純物には、失敗配列、トランケーション、伸長生成物、塩基性末端を有するオリゴヌクレオチドの形成などが含まれます。不純物は、数が多く、非常に低濃度で、互いに組み合わさって存在する場合があるため、その特性解析には高度な分析メソッドが不可欠です。
強制分解の研究は、合成オリゴヌクレオチドの化学的安定性を評価して、分解経路を解明するための重要なツールとして役に立ちます。これらは、治療薬の開発と特性解析において不可欠な要素であり、安全性と効能を確保します。Agilent 6545XT AdvanceBio LC/Q-TOF と組み合わせた Agilent 1290 Infinity Bio LC システムにおけるイオンペアリング RP-HPLC は、Fomivirsen サンプル中のさまざまな分解生成物の同定と確認にきわめて有効でした。結果は、このメソッドの感度と再現性が高いことを示しており、分解の研究の実施に適していることが実証されました。
イオンペアリングを用いない逆相クロマトグラフィーと Agilent 6230B TOF LC/MS 検出 を組み合わせて、Agilent MassHunter BioConfirm ソフトウェア で解析する、多様なオリゴヌクレオチドの正確で再現性の高い分析メソッドをご紹介します。結果は、14～103-mer の大幅に修飾された ASO、DNA、sgRNA、siRNA オリゴヌクレオチドにおいて適切な性能を示しています。この分析は、専用システムを必要とすることが多い、従来の RPLC メソッドに代わる魅力的な選択肢となります。さらに、イオンペアリング溶媒のコストが高い場合や、システムの清浄度を維持するためにイオンペアリング LC を頻繁にフラッシュする必要がある場合、このイオンペアリングを用いないメソッドはより実用的で持続可能な手法です。
高分解能の精密質量（HRAM）MS データを使用した、ターゲットオリゴヌクレオチドとその関連不純物の特性解析のために、2 つの新しい統合型の自動オリゴヌクレオチドデータ解析手法が開発されました。分析結果は、対象のオリゴヌクレオチドについて、優れたクロマトグラフィー分離と質量精度（ppm 以下）が得られたことを示しています。LC/MS 結果はまた、観察対象のオリゴヌクレオチドとその不純物について、優れた再現性とともに、高精度の相対定量が達成されたことを示しています。Agilent MassHunter BioConfirm ソフトウェア は、ハイスループットでの自動 Target Plus Impurities（TPI）データ処理を実現しており、データ解析の時間が大幅に短縮されました。
ラボでは、オリゴヌクレオチド分析のためにイオンペアリング逆相（IPRP）クロマトグラフィーを頻繁に実施していますが、これには高価で環境的に有害なイオンペアリング試薬を使用する必要があります。このアプリケーションノートでは、イオンペアリング試薬を使用せずに、多様なオリゴヌクレオチドを正確かつ高い再現性で分析できる、飛行時間型液体クロマトグラフィー/質量分析（Agilent 6230 TOF LC/MS）と親水性相互作用クロマトグラフィー（HILIC）を用いた代替メソッドについて説明します。
OpenLab CDS 用 Agilent オリゴ分析アクセラレータ は、既存のデータインテグリティおよびコンプライアンスアーキテクチャを活用しながら、データ解析を簡略化します。このアプリケーションノートでは、ホスホロチオエートリガンド複合体型アンチセンスオリゴヌクレオチド（LICA）の純度、アッセイ、不純物プロファイルを測定するために分析を実施しました。最適化された処理メソッドにより、サンプルの複雑さや純度に応じて異なりますが、データ解析の合計時間が、1 サンプルあたり 1 時間未満であることが示されました。
質量分析（MS）技術は、合成オリゴヌクレオチドの開発における品質管理の重要なツールです。このアプリケーションノートでは、Agilent LC/MSD XT シングル四重極 LC/MS システム、および Agilent OpenLab CDS 2.8 ソフトウェア の MS スペクトルデータのデコンボリューション機能を使用した、合成オリゴヌクレオチドの分子量（MW）確認と簡単な特性解析ワークフローを示します。
合成オリゴヌクレオチドの堅牢性に優れた分子量確認を対象に、Agilent OpenLab CDS の MS スペクトルデコンボリューション機能メソッド により、デコンボリューション処理を最適化します。
純度分析
Target Plus Impurities（TPI）分析
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