ゲノミクス (論文・技術資料・アプリケーション等)

 

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技術資料
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基礎からわかるアジレント:入門 マイクロアレイ&ゲノミクス
Agilent 101: An Introduction to Microarrays and Genomics

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アレイ製造 : インクジェットテクノロジー概要(動画)
Video - Agilent SurePrint Ink-jet Printing Technology, Improving Platfrom Sensitivity
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Stem Cell シリーズ  アジレント製品を用いた幹細胞研究紹介
Stem Cell Vol.1 幹細胞におけるゲノムの評価
Stem Cell Vol.2 iPS 細胞の性質の確認
Stem Cell Vol.3 幹細胞における lncRNA
Stem Cell Vol.4 iPS 細胞を用いた疾患モデルのゲノミクス
Stem Cell Vol.5 iPS 細胞と microRNA との関わり
Stem Cell Vol.6 幹細胞とがんとの関わり
Stem Cell Vol.7 幹細胞とノンコーディング RNA
Stem Cell Vol.8 幹細胞におけるリプログラミング
Stem Cell Vol.9 オルガノイド・臓器原基
カスタマーボイス
5991-8250JAJP

バイオバンクのサンプル管理に活用 TapeStation システム: 岡山大学医歯薬学総合研究科・バイオバンク 冨田 秀太先生に、核酸の品質管理にTapeStation システムをご活用いただいている例をご紹介いただきました

5991-9494JAJP

FFPE 標本から抽出した核酸の精度管理に活用 Agilent 4200 TapeStation システム: 琉球大学大学院医学研究科腫瘍病理学講座の吉見 直己先生に、TapeStation の病理診断への活用についてお話を伺いました。

5994-2724JAJP

DNA メチル化キャプチャ法による効率的なエピゲノムマーカー探索手法の確立: 岩手医科大学 医歯薬総合研究所/いわて東北メディカル・ メガバンク機構の清水 厚志先生に、独自のカスタムデザインを用いたメチル化キャプチャ法をエピゲノム解析にご活用いただいた例をご紹介いただきました。

アプリケーションノート
5994-1512EN

2019/11
Ultra-low Input Total RNA Gene Expression Analysis Using the Agilent SurePrint G3 Human Gene Expression Microarray(英文):
遺伝子発現マイクロアレイの標準プロトコルよりも少ないtotal RNA 量(250 pg~)のラベル化操作とそのデータを紹介します。

5994-2921JAJP

2021/02
Biobanque de Picardie によるフランスの腎臓病研究のためのゲノム DNA の品質管理:
フランスの CKD-REIN プロジェクトにおける 4200 TapeStation System を利用した品質管理の例をご紹介します。

5994-1362JAJP

2020/10
Coriell Institute のバイオレポジトリにおける長期 DNA 保存のモニタリング:
長期保存されたゲノム DNA の品質管理について、4200 TapeStation System を利用した解析例をご紹介します。

5994-0811JAJP

2019/04
Heidelberg CardioBiobank のDNA サンプルの品質に関するレトロスペクティブ分析:
バイオバンクにおいて、より厳密な品質管理を目的として導入された 4150 TapeStation System を利用した評価についてご紹介します。

5994-0520JAJP

2020/12
Femto Pulse System を用いたバイオバンクサンプルのゲノム DNA 品質評価:
高感度・高速分析のパルスフィールド電気泳動が可能な Femto Pulse System によるバイオバンクサンプルの高分子量ゲノム DNA の解析例を紹介します。

5994-2305JAJP

2020/12
SureSelect ターゲットエンリッチメント プローブ -堅牢で信頼性のある NGS アッセイのためのターゲットエンリッチメントプローブ:
アジレントでは 2020 年 8 月に SureSelect カスタムプローブの設計アルゴリズムおよび製造方法を一新しました。新しくなったカスタムプローブの性能をご紹介しています。

5994-1777JAJP

2021/02
アジレント miRNA マイクロアレイを用いた exosomal miRNA の発現差解析:
抽出する血清量を検討し、健常人および肺がん患者の血清由来エクソソームから抽出した RNA の miRNA 発現差解析をマイクロアレイで行いました。

5991-7468JAJP

2021/02
アジレント miRNA マイクロアレイおよび バイオアナライザを用いた exosomal miRNA の検出:
血清由来エクソソームから抽出した RNA をバイオアナライザで泳動、miRNA マイクロアレイで検出を行い再現性などを検証しました。

こちら

2015/8/19
SureSelect メチル化解析 :
SureSelectXT Methyl-Seq combined with Post-Bisulfite Adaptor Tagging (PBAT) enables targeted shotgun bisulfite sequencing from low input DNA
微量 DNA からのターゲットメチルシーケンスを可能とする PBAT法と SureSelect との組み合わせについて、プロトコルの詳細を記述しています。
非公式の参照プロトコルとなります。

5991-5756JAJP

2016/4/26
Agilent SureSelect と KAPA Hyper Prep Kit との組み合わせによる微量 DNA (10ng) からのライブラリ調製とキャプチャシーケンス イルミナ用
適用アプリケーション:ホルマリン固定パラフィン包埋 (FFPE) サンプルから
抽出された DNA・血中循環セルフリー DNA(2015年5月版)

50 ng 以下の微量 DNA からのターゲットシーケンスを可能とする KAPA Hyper Prep キットと SureSelect との組み合わせについて、プロトコルの詳細を記述しています。
非公式の参照プロトコルとなります。

5991-4979JAJP

miRNA : アジレントの miRNA マイクロアレイを用いた血清中 miRNA のプロファイリング

5990-6274EN

CGH+SNP : Simultaneous Detection of Copy Number and Copy-Neutral LOH Using a Single Microarray
SurePrint G3 CGH+SNP マイクロアレイ 2 x 400K および SurePrint G3 CGH+SNP マイクロアレイ 4 x 180K の仕様およびLOH検出例を紹介。SNP call の精度や SNP データ解析基本原理もあわせて紹介

5990-9183EN

CGH+SNP : Detecting copy-neutral LOH in cancer using Agilent SurePrint G3 Cancer CGH+SNP Microarrays
SurePrint G3 Cancer CGH+SNP マイクロアレイ 4 x 180Kの仕様および aneuploid chronic lymphocytic leukemia (CLL) における copy neutral LOH を含む構造異常を検出した例。34% 正常細胞が混入した CLL 試料における構造異常の検出例も紹介。

5991-0409JAJP

CGH+SNP : 血液がんの細胞遺伝学的プロファイリングにおけるAgilent の CGH+SNP マイクロアレイの優れたコピー数検出力。
慢性リンパ性白血病 (CLL) と多発性骨髄腫 (MM) サンプルから精製した DNA を使いAgilent CGH+SNP マイクロアレイから得られたコピー数解析と LOH データの品質を Illumina 社の SNP マイクロアレイのものと比較しました。

5991-0643JAJP

CGH : 単一細胞を用いた高解像度オリゴ aCGH 解析を 24 時間で
1細胞からの DNA を全ゲノム増幅し CGH マイクロアレイ解析を行うプロトコルを紹介。胚からの単一細胞について Agilent SurePrint G3 Human Catalog 8x60K CGH マイクロアレイにより、既知および新規のゲノムコピー数変化を検出。

5989-6624JAJP

CGH : Agilent アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション (CGH)解析のための堅牢な全ゲノム増幅法
50ng のゲノムDNAからアレイCGH解析を実現するプロトコルを紹介。ヒト結腸がん細胞株 HT29 由来 ゲノムDNA 10ngを用いCGH解析を行い、増幅のないCGH解析結果との高い一致性、同程度の低ノイズレベルを確認。断片化した同DNA 50ng でも良好な結果を取得。

5989-7120EN

CGH : FFPE 試料でも高い成功率でアレイ CGH 解析が可能
正常および乳がん試料からの DNA を用いた CGH マイクロアレイ解析例を ULS法ラベル化プロトコルの概要とともに紹介。乳がん試料では新鮮凍結試料による結果と高い一致性をもち、かつ 1年、4年、10年保存された乳がん FFPE試料では HER-2 遺伝子領域の増幅を確認。

5989-8539EN

バイオアナライザ : A nalysis of small RNAs from Drosophila Schneider cells using the Small RNA assay on the Agilent 2100 bioanalyzer (低分子 RNA の高感度・高分離アッセイ)

5989-2982JAJP

バイオアナライザ : Agilent 2100 バイオアナライザによる食用魚類の魚種同定

5989-3107JAJP

バイオアナライザ : 2100 バイオアナライザを利用したミトコンドリア DNA PCR の最適化

5989-0985JAJP

バイオアナライザ : Agilent 2100 バイオアナライザと DNA 500 ラボチップによるPCR 増幅ミトコンドリア DNA の分析

5988-4847JAJP

バイオアナライザ : Agilent 2100 バイオアナライザによる遺伝子組み換え作物の検出

Product Note (製品基本性能紹介)
5990-3368EN CGH : Agilent SurePrint G3 Human Catalog CGH Microarrays
アジレント高密度 CGH マイクロアレイの仕様詳細、および Male/Female のハイブリダイゼーションによる上染色体と X染色体のコピー数変化の区別の明確さと、その他検出力の紹介
5990-7218EN CGH/CGH+SNP : 海外コンソーシアムにて最適化されたデザイン
SCA (International Standards For Cytogenomic Arrays Consortium) では、原因不明の発達遅延・知的障害・自閉症・その他発達障害を含む小児疾患の clinical genetic testing のためのマイクロアレイ標準デザインを目指し、世界中の参加施設よりデータを収集・評価しています。アジレント ISCA マイクロアレイはこのコンソーシアムで採用され、ISCA 推奨のコンテンツが反映されています
 

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3: セミナー資料 & 参考資料
 
■ セミナー資料
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アジレント・ゲノミクステクノロジーのアプリケーションサイエンティストは、様々な内容のテクニカルセミナーを全国各地で開催しています。「マイクロアレイとは?」 「マイクロアレイで何が分かる?」 といった基礎的なものから、次世代遺伝子発現プロファイリングの最大の特徴である 「高感度化の効果」 を低発現遺伝子の検出とオントロジー解析の実例から紹介したり、免疫沈降法を組み合わせた転写因子やクロマチンレギュレータのゲノム結合解析のソルーション、さらには、最新論文紹介を交えた mRNA-miRNA 統合解析!といった応用まで、お客様の要望に合わせたセミナーを展開しています。その中から、いくつかのプレゼンテーション資料をピックアップしました。

セミナー資料

「マイクロアレイとは?」 「マイクロアレイで何が分かる?」 そんなあなたの疑問にお答えします。

次世代←→マイクロアレイ 次世代シーケンサ時代にマイクロアレイをどのように使いこなすか? 次世代シーケンサの発展と変化や論文報告のトレンドを元に、Whole sequence、Capture Sequence、Oligo DNA Microarrayの観点で整理しました。

PDFダウンロードはこちら
(6.51MB)

低発現から高発現の転写産物まで精度の高い網羅的なプロファイルが可能な、遺伝子発現・長鎖/短鎖ノンコーディング RNA・選択的スプライシングを解析するシステムを紹介します。

高解像度・高感度のゲノムコピー数解析を実現する CGH マイクロアレイについて、解析の基礎と診断・Copy Number Variant・細胞培養などの最近のトピックスを通してご紹介します。

独自のアレイ検出プローブ設計、独自のエンドラベリング、等を組み合わせたアジレントの高感度 miRNA 発現解析のトータルソルーションと mRNA-miRNA 解析例をご紹介します。

転写ネットワークや幹細胞・癌のエピジェネティクスを解明するための ChIP-on-chip/DNA メチレーション解析のソルーションをご紹介します。

アジレントが提供するウエブベースのカスタムアレイデザインツール、eArray をご紹介します。(v6.5 対応)

お問合せください。

アジレントが提供する新製品 SureSelect ターゲットエンリッチメントシステムの概要をご紹介します(2010年分子生物学会セミナー)。このシステムにより、興味のあるゲノム領域に的を絞ってゲノムを濃縮し、次世代シーケンサの解析における時間とコストと解析労力を一気に低減することが出来ます。

ゲノム研究の進展に伴い、DNA の量的変化を生じるコピー数多型 (Copy Number Variants : CNV) が高い頻度でヒトゲノム中に存在することが明らかになり、生活習慣病や自己免疫疾患を含むヒトの形質差に影響を与えている可能性が大きな注目を集めています。最新の CNV 研究の一端をご紹介します。

アジレントのゲノム構造変化検出用のマイクロアレイは Cytogenomics 分野でも広く使われています。新たな CGH+SNP マイクロアレイの登場により、コピー数の変化に加えて LOH\UPD も同時に検出できるようになりました。解析用ソフトウェアとあわせて、CGH・CGH+SNP 原理および実験の流れをご紹介します。

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■ 参考資料 : e-ニュースレター 「Access Agilent」 にゲノミクスアプリケーションの解説記事を掲載
Access Agilent

Access Agilent は、お客様にとってためになる読み物や専門的な技術解説、新製品情報などをお届けする e-ニュースレターです。その中から、ゲノミクスアプリケーションに関して紹介されたソリューションを下記にまとめています。今後もゲノミクスの様々な問題に対し、優れた解析システムを中心とする様々なアプリケーション事例を具体的に示していきます。

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