タンパク質は非常に異なる濃度で存在する可能性があり、各ターゲットタンパク質は使用した実験条件に対して非常に異なる応答を示す可能性があるため、サンプル中の特定のタンパク質のアバンダンスを測定することは困難です。ターゲットプロテオミクスは通常、液体クロマトグラフィー/タンデム質量分析（LC/MS/MS）を使用して、マルチプルリアクションモニタリング（MRM）ベースのトリプル四重極（TQ）またはデータ非依存型四重極飛行時間（Q-TOF）分析を使用して、ターゲットタンパク質からペプチドを定量します。アジレントは、質量分析によるペプチド定量への両方のアプローチにソリューションを提供し、最大 6 桁のリニアダイナミックレンジで同時に多数のタンパク質のスクリーニングを可能にします。 ターゲット分析用の Agilent JetStream プロテオミクスソリューションは、高速化、堅牢性、再現性の向上を実現します。
このアプリケーションノートでは、ヒト血漿タンパク質の MRM ベースの LC/MS 分析に、Agilent 6495 トリプル四重極 LC/MS と Evosep One LC システムを用いた場合の再現性、堅牢性、感度について説明します。結果は、12 日間の分析期間を通してリテンションタイムの再現性が優れていること、さらに堅牢性テストの前後において感度が同等であることを示しており、ハイスループットのタンパク質定量に対してこのシステムが最適であることがわかりました。
JetStream イオン源を搭載した Agilent 6495 トリプル四重極 LC/MS（LC/TQ）と組み合わせた Agilent 1290 Infinity II LC システムを使用して、ヒト血漿中のタンパク質バイオマーカーに由来するペプチドの MRM ベースの LC/MS 分析の定量性能について紹介します。標準フロー LC/TQ システムを使用したヒト血漿中のペプチド定量の優れた性能を示す結果が得られています。
プロテオゲノミクスは、プロテオミクスとゲノミクスを組み合わせたものです。ゲノミクスは特定のタンパク質の発現の可能性を研究しますが、プロテオミクスはこのタンパク質が実際に発現しているかどうかを判断します。MRM Proteomics 社の Borchers 博士は、ヒトおよびその他の種の血漿やその他の生体液からのタンパク質について、約 6000 の MRM アッセイを開発しました。これらのアッセイの組み合わせをカスタマイズして、特定の疾患のバイオマーカーであることがわかっているタンパク質をターゲットとする多重化された MRM パネルを作成できます。
Q-TOF ベースのラベルフリーショットガンプロテオミクスを使用して、潜在的ながんバイオマーカーを特定することを目的とした、探索からターゲットへのプロテオミクスワークフローについて学びます。
このウェビナーでは、Evosep One と Agilent 6495 LC/TQ を MRM モードで使用して、血漿中のタンパク質の堅牢かつ再現性のある定量を行っています。
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