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■ホットニュース
◆イベント情報
 new 2月15日(月)臨床応用を目指した最前線セミナー Part .10 にて 【アジレント企業講演がございます】 テーマ 「マーカーとしての miRNA の可能性」
◆キャンペーン情報
  マイクロアレイ 年度末キャンペーン実施中(2010.2.19まで)

  Agilent DNA マイクロアレイ スキャナ キャンペーン(2010.10.29まで)
◆最新情報
 次世代シーケンシング:Agilent 2100 バイオアナライザで出発DNAとシーケンシングライブラリを確認
◆プレスリリース
 アジレント・テクノロジー、ヒトゲノムの全エクソン領域をキャプチャするSureSelectタ ーゲット DNA 濃縮キットを発表(10/15)

 アジレントが、プローブ密度を4倍に高めた第三世代マイクロアレイを発表(3/31)
 アジレントが、研究者の関心のある部分のみを解析可能にすることで、次世代DNAシーケンシングの高効率化を実現するシステムを発表(3/31)
CNV関連:11の疾病の遺伝子的原因の解明に向けたWTCCCプロジェクトが始動
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アジレントアレイの受託解析
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ヒトゲノムの解読によって、科学には新しい時代が到来しました。複雑な生体を系統的に明らかにすることが可能になったのです。細胞内に存在する全ての既知の遺伝子を同時測定する技術は、今日の研究環境においては、当たり前のものとなっています。

アジレントは、遺伝子発現の分野のソリューションプロバイダーの先駆者として、世界の主要な研究機関が提起する困難な問題を解決するお手伝いをいたします。


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製品・ソリューション
論文・技術資料・アプリケーション
サポート(遺伝子リスト/必要なものリスト/お客様専用サポートサイト等へのリンク)
 製品 : アジレント ゲノミクス・トータルソリューション
バイオアナライザ
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  high Sensitivity DNA キット
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試薬(発現)
遺伝子発現用:ラベル化
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  Quick Amp
スパイクイン(1色 / 2色
ハイブリダイゼーション
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洗浄(バッファ
miRNA用:ラベル化&ハイブリ
(洗浄は遺伝子発現と同じ)
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ハイブリダイゼーション
25反応 / 大容量
洗浄(バッファ
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ラベル化(酵素反応
(洗浄はCGH/CNVと同じ)
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リアルタイムPCR装置
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QPCR&QRT-PCR試薬
ゲノムキャプチャ
SureSelect概要
Human All Exon キット登場!
  X染色体キット(イルミナペアエンド,SOLiDフラグメント対応)
ベイト設計ガイド(遺伝子名リストでも作れます)
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 論文・技術資料・アプリケーション等
1 : 論文紹介 (Open Genomics)
2 : 技術資料・アプリケーションノート
3 : セミナー資料&参考資料
 
1: 論文紹介 (Open Genomics)
論文一覧はこちら

アジレント・テクノロジーから最新のゲノミクスの研究成果を紹介するウエブサイト Open Genmomics.com が2009年3月にリニューアルしました。Publications / Reviews / Presentations / Interviews の4つのカテゴリから、ゲノミクスの研究者が実際にどのようにアジレントのマイクロアレイを活用しているかを知ることができます。ここでは、比較的最新の論文の中からアジレントのサイエンティストが選んだ注目論文を紹介していきます。OpengenomicsではWebcastなどの新しい試みも始まっており、今後もこの特集の中でOpengenomicsの魅力を紹介していきます。

おすすめ論文 
Nature GeneticsのCNV特集号(過去の重要なCNV論文をまとめたものです)

注目論文 Why it's interesting  
 "A highly annotated whole-genome sequence of a Korean individual" Nature 2009
CGH :次世代 DNA シーケンサが分子生物学に革命をもたらし、北西ヨーロッパ人/アフリカ人/中国人など、人種別の全ゲノム解読成果が次々に報告されています。今回、ソウル大学の研究者らは、韓国人の一人の男性の全ゲノム配列を解読するとともに、アジレントがデザインした2400万のタイリングプローブを含むカスタム CGH アレイを用いて、HapMap サンプルとの比較からコピー数の欠出および増幅領域を同定しました。この論文ではシーケンサでも検出できた確度の高いコピー数多型 (Copy Number Variants) の候補領域が報告されましたが、その多く (概ね半分) は既知の CNV データベースに登録されていない新規なものでした。またこの論文では、コピー数多型の検出において、解像度と品質の高い Agilent の CGH アレイが他のマイクロアレイのプラットフォームに比べて CNV 検出力が高いことが示されました。今後、次世代シーケンサ関連ツールの開発や整備が進む中、アジレントのカスタム/カタログマイクロアレイを組み合わせることで、ゲノムの変異を効率よく解析する研究が進むものと期待されます。
 "The DNA replication FoSTeS/MMBIR mechanism can generate genomic, genic and exonic complex rearrangements in humans", Nature genetics 2009
CGH :近年、統合失調症や自閉症などの疾患で CNV 領域が注目されていますが、CNV の原因となる分子メカニズムは未だ良く分かっていません。米国の Lupski博士が率いる研究チームは、07年の雑誌 ”Cell” にゲノム疾患の DNA 複製メカニズムとして提唱した FoSTeS (Fork Stalling and Template Switching)機構が CNV を説明できるかを検討しています。今回彼らは、特定のゲノム領域に構造変異が起こることで知られる Charcot-marie-tooth病などの患者群に対し、疾患責任領域にフォーカスした 4パックや 8パックのカスタム CGH マイクロアレイを作成し、疾患を持った家族や健常対照サンプルを集めて効率よく CGH 実験を行いました。そして、切断点付近の構造変化と塩基配列 (シーケンス解析) とを併せて検討した結果、「複製 DNA 合成時に近くにある 5塩基程度のホモロジー配列を介在してゲノム切断が引き起こされることにより、ゲノムの特定領域のコピー数増加やエクソン組み換えが起こる」と説明出来ることを示しました。彼らは、解像度の低い FISH や現行の次世代シーケンサ解析では、CNV の分子メカニズムを見落とす可能性が高いことも述べています。
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掲載開始日 12/09/2008
2: 技術資料・アプリケーションノート
技術資料
 Click to Play (22MB) ※ (動画のクオリティを改善しました) アレイ製造 : インクジェットテクノロジー概要(動画) Video - Agilent SurePrint Ink-jet Printing Technology, Improving Platfrom Sensitivity ※この動画ファイルをご覧いただくには、Quicktimeが必要になります。Quicktimeはこちらからダウンロード(無償)できます。
論文・科学文献リスト バイオアナライザを使った論文リスト(論文数>7300) Collection of external publications and scientific citations for the 2100 Bioanalyzer - Jan 08
アプリケーションノート
5989-6624EN

CGH : A Robust Whole Genome Amplification Method for Agilent Array-based Comparative Genome Hybridization Analysis (全ゲノム増幅と組み合わせたCGH解析)

5989-8539EN バイオアナライザ : A nalysis of small RNAs from Drosophila Schneider cells using the Small RNA assay on the Agilent 2100 bioanalyzer(低分子RNAの高感度・高分離アッセイ)
5989-2982JAJP バイオアナライザ : Agilent 2100 バイオアナライザによる食用魚類の魚種同定
5989-3107JAJP バイオアナライザ : 2100 バイオアナライザを利用したミトコンドリアDNA PCR の最適化
5989-0985JAJP バイオアナライザ : Agilent 2100バイオアナライザとDNA 500ラボチップによるPCR増幅ミトコンドリアDNAの分析
5988-4847JAJP バイオアナライザ : Agilent 2100バイオアナライザによる遺伝子組み換え作物の検出
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3: セミナー資料 & 参考資料
■セミナー資料
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アジレント・ゲノミクステクノロジーのアプリケーションサイエンティストは、様々な内容のテクニカルセミナーを全国各地で開催しています。マイクロアレイとは?マイクロアレイで何が分かる?といった基礎的なものから、次世代遺伝子発現プロファイリングの最大の特徴である「高感度化の効果」を低発現遺伝子の検出とオントロジー解析の実例から紹介したり、免疫沈降法を組み合わせた転写因子やクロマチンレギュレータのゲノム結合解析のソルーション、さらには、最新論文紹介を交えたmRNA-miRNA統合解析!といった応用まで、お客様の要望に合わせたセミナーを展開しています。その中から、いくつかのプレゼンテーション資料をピックアップしました。

セミナー資料  2010/2/4 update
マイクロアレイとは?マイクロアレイで何が分かる?そんなあなたの疑問にお答えします。
次世代高感度マイクロアレイ"5 logのダイナミックレンジ"がもたらす効果を、低発現遺伝子の検出とオントロジー解析の実例から御紹介します。
高感度オリゴアレイが変えるCGH/CNV解析。CGH(Comparative Genomic Hybridization)解析の基礎と実験・解析の実際を通してご紹介します。
独自のアレイ検出プローブ設計、独自のエンドラベリング、等を組み合わせたアジレントの高感度miRNA発現解析のトータルソルーションをご紹介します。
ニュー 転写ネットワークや幹細胞・癌のエピジェネティクスを解明するための ChIP-on-chip/DNA メチレーション解析のソルーションをご紹介します。
アジレントが提供するウエブベースのカスタムアレイデザインツール、eArrayをご紹介します。(v6.5対応)
アジレントが提供する新製品SureSelectターゲットエンリッチメントシステムの概要をご紹介します。このシステムにより、興味のあるゲノム領域に的を絞ってゲノムを濃縮し、次世代シーケンサの解析における時間とコストと解析労力を一気に低減することが出来ます。
ニュー ゲノム研究の進展に伴い、DNA の量的変化を生じるコピー数多型 (Copy Number Variants : CNV) が高い頻度でヒトゲノム中に存在することが明らかになり、生活習慣病や自己免疫疾患を含むヒトの形質差に影響を与えている可能性が大きな注目を集めています。最新の CNV 研究の一端をご紹介します。

■参考資料 : 機関紙 「Strategies」 にマイクロアレイとバイオアナライザの特集記事を掲載
論文一覧はこちら

PCR酵素pfu、コンピテントセル、変異導入キット、リアルタイムPCRシステムなど分子生物学の実験に欠かせない様々な試薬類の販売しているSTRATAGENE部門では、20007年から、さまざまな生物学の実験における問題点と解決法を記した機関紙「Strategies」の日本語版を発行しています。STRATAGENE部門がアジレント・テクノロジーの一部門となったことで、アジレントのマイクロアレイやバイオアナライザの製品群を中心としたゲノミクスの研究における問題点と解決法を提供することが可能となりました。今後もゲノミクスの様々な問題に対し、優れた解析システムを中心とする様々なソリューションを具体的に示していきます。

一括ダウンロード
「Stratagies」最新号(それぞれの特集記事を下記からダウンロードすることも出来ます)
特集記事
アジレントDNAマイクロアレイ ゲノミクストータルソリューション
比類なき5logのダイナミックレンジがもたらすインパクト
GeneSpringGX によるマイクロアレイデータ解析アプローチ
遺伝子発現マイクロアレイサンプルの Quality Check
Agilent 2100 バイオアナライザによるリアルタイムPCR実験の検証
高感度タンパク質分析を実現したバイオアナライザ用新アッセイキット
バイオアナライザFAQ (購入前のお問い合わせ)
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 サポート

■マイクロアレイ情報のダウンロードサイト

ダウンロード
コンテンツ
必要なもの
eArray デザインファイル・GeneList・Annotationsを含む、マイクロアレイの色々な情報が一括してダウンロードできます
事前のユーザー登録
※ アレイを注文される前に、上記のリストをダウンロードし、研究の目的に沿ったアノテーションがついた遺伝子が搭載されているかどうかをご確認ください。

■SureSelect Target Enrichment Systemを使用する際に必要なものリスト

必要なものリスト
 イルミナ社シングルエンドライブラリ用に必要な試薬・器具類の一覧です
 イルミナ社ペアエンドライブラリ用に必要な試薬・器具類の一覧です (全エクソンキャプチャを除く)
 イルミナ社ペアエンドライブラリ用に必要な試薬・器具類の一覧です (全エクソンキャプチャ用)
 SOLiD フラグメントライブラリ用に必要な試薬・器具類の一覧です (全エクソンキャプチャを含む)

■アジレントマイクロアレイ実験に必要なもののリスト

必要なものリスト  2010/2/4 update
 CpGアイランドアレイを始めるのに必要な試薬・器具類の一覧です
ニュー 遺伝子発現アレイ(Low Input Quick Amp キット)を始めるのに必要な試薬・器具類の一覧です
遺伝子発現アレイ(Quick Amp キット)を始めるのに必要な試薬・器具類の一覧です
 アレイCGHを始めるのに必要な試薬・器具類の一覧です
miRNAアレイを始めるのに必要な試薬・器具類の一覧です
 ChIP-on-chip (Mammalian) を始めるのに必要な試薬・器具類の一覧です
ChIP-on-chip (Yeast) を始めるのに必要な試薬・器具類の一覧です

■Genomics実験に関するFAQ

マイクロアレイ
アレイのサンプル調製・データQCに関する注意事項
アジレントアレイ洗浄でのTriton X-102の効果
GeneSpring シリーズの過去の質問やドキュメント

■実験マニュアル

プロトコル一覧(英語)
※遺伝子発現、CGH、miRNAの実験プロトコル(日本語)は、下記のサポートページから入手できます。

■アジレントゲノミクス お客様専用サポートサイト

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