MassHunter ワークステーション用 Spectrum Mill

タンパク質同定の複数のオプションによるフレキシビィティ

一部のタンパク質のデータベース検索プログラムとは異なり、MassHunter Workstation用 Spectrum Mill には、タンパク質の同定と特性の決定を目的とした複数のオプションがあります。Spectrum Mill ソフトウェアでは、MS/MS イオン検索を使用して、MS/MS スペクトルを検索したり、ペプチドマスフィンガープリント (PMF) を使用して、MSスペクトルを検索したりすることができます。

Spectrum Mill ソフトウェアの革新的な MS/MS データベース検索アルゴリズムでは、優れた並列化が行われ、膨大なインデックスファイルを作成しないため、複雑なクエリであっても処理時間が短くなります(〜200 ミリ秒/スペクトル)。これは、修飾されていないペプチドを探す同定モード、または翻訳後修飾、突然変異、および化学修飾を探す変異修飾または同族モードで動作します。最新の Spectrum Mill ソフトウェアのリリースでは、ユーザー指定の翻訳後修飾のサポートが用意されており、研究室個別のワークフローまたは安定した同位体ベースの異なる発現研究をサポートします。

データベースの一致は、自動的またはインタラクティブに有効になります。一致しない無効なスペクトルは、別のパラメータまたは別のデータベースを使用して再検索することができます。最新のデータベース検索拡張機能では、データベース検索結果を確実に自動的に検証できます。拡張機能には、以下のオプションがあります。

  • 反転データベースのスコアリング
  • ランク 1 -ランク 2 のスコアリング
  • プロトンのモビリティのスコアリング(予測されるフラグメンテーションの傾向に対する追加と削除)
  • 必須/非必須アミノ酸を指定する機能
  • 同じサイトで固定および変異修飾を使用する機能(互いにリンクした研究)

De novo シーケンシング は、データベースにないタンパク質の同定でも使用できます。