Alien QRT-PCR Inhibitor Alert

  • RNAサンプル中の抑制因子検出のための高品質外部コントロール
  • 多様な抑制因子を高感度検出
  • 既知の塩基配列と相同性のない人工RNA
  • 実験系の標準化に最適
 
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アジレント(旧ストラタジーン)のAlien QRT-PCR Inhibitor Alertは、QRT-PCR 実験に用いるRNAサンプル中の抑制因子の有無を、高感度で検出するための高品質外部コントロールです。本製品にはin vitro転写されたRNAであるAlien RNA transcriptが入っており、このRNAの配列は現在GenBankに登録されている核酸配列に対して相同性をもちません。この既知量のAlien RNA をRNAサンプルに混ぜ、Alien primer mixを用いて増幅します。得られたCt値がAlien RNA 単独で増幅した際よりも大きくなる場合は、RNAサンプル中に何らかのCt値を大きくする因子(抑制因子)が存在する可能性を示唆します。

Inhibitor Alertとは

QRT-PCR 反応の増幅効率に影響する抑制因子は様々ですが、RNAサンプルの精製過程に生じる夾雑物である場合が多く、もともとサンプル中に存在したものや、精製過程で使われる試薬類である場合があります。QRT-PCR に影響する抑制因子としてはフェノール、エタノール、グアニジン、EDTAなどが知られています。

Alien RNAの増幅はQRT-PCR の抑制因子に非常に敏感に影響されます。由来や精製方法の異なるRNAサンプルを用いた遺伝子発現解析においては、各サンプルの品質を検証するために有用なツールとなります。本製品の有用性を実証するために、既知濃度のグアニジンをヒトTotal RNAサンプルに加え、グアニジンの存在、非存在下でAlien RNAおよびGAPDHの増幅を解析しました。図1Aに示されているように、10uMのグアニジン存在下ではAlien RNAの増幅が5 Ct程度抑制されることが示されています。これに対してGAPDHの増幅では、10uMのグアニジンの存在下で3 Ct程度Ct値が大きくなることが示されています(図1B)。

図1 10uMグアニジン存在下でのAlien RNAおよびGAPDHの増幅抑制 グアニジンの存在、非存在下でリアルタイム定量PCRを行った。Alien RNAを10^5コピーとアジレント(旧ストラタジーン) Universal Human Reference RNAを50ng加えた反応液に、(A) 100nMのAlien primer mixあるいは(B) GAPDH primerを加え、Brilliant SYBR® Green QRT-PCR Master Mix, 1-Step を用い反応を行った。

 

実験系の標準化

Alien QRT-PCR Inhibitor Alertは、実験系を標準化する際に最適です。標準曲線を作成する際に、本製品をレファレンス用コントロールとして利用することで、複数の実験データや異なる機種、異なる施設で得られたデータなどを比較することができます。また、本製品は厳格な品質管理下で大量生産されているため、ロット間のバラつきが最小限に抑えられており、長期にわたる実験データを比較する際にも、レファレンス用コントロールとして利用することができます。

図2に示されているように、本製品とアジレント(旧ストラタジーン)のBrilliant SYBR® Green QRT-PCR Master Mix, 1-Step を用いて標準曲線を作成した際に、1から10^8もの幅広い範囲で再現性の高い増幅効率が得られています。このことからも分かるように、本製品の使用に当たっては、Brilliant SYBR® Green QRT-PCR Master Mix, 1-Step もしくは2-Stepの使用を推奨しています。

図2 Alien RNAとBrilliant SYBR® Green QRT-PCR Master Mix, 1-Step による標準曲線 Alien RNAの希釈系列を1から10^8の範囲でとり、増幅効率を求めたところ、Rsq=0.997という良好な値が得られた

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Alien QRT-PCR Inhibitor Alert

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High-quality external control for detecting inhibitors in RNA samples for QRT-PCR analysis.
Alien RNA Transcript and Alien Primer Mix
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Brilliant II SYBR® Green QRT-PCR Master Mix, 1-Step, 400rxn

600825 400 rxns お問い合わせください Call
High performance, ultra sensitive, next generation SYBR® Green 1-step QRT-PCR master mix reagent for reliable quantification across a wide range of targets and templates.
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Alien Reference RNA QRT-PCR Detection Kit (FAM™ detection)

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High-quality external reference RNA control system for QRT-PCR experiments using probe-based detection
Alien RNA Transcript, Alien Probe forward and reverse primer and Alien FAM Probe
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Alien Reference RNA QRT-PCR Detection Kit (VIC™ detection)

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High-quality external reference RNA control system for QRT-PCR experiments using probe-based detection
Alien RNA Transcript, Alien Probe forward and reverse primer and Alien VIC Probe
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