ハイブリダイゼーションベースの次世代シーケンシング(NGS)

AGeNT

[RUO]

Agilent Genomics NextGen Toolkit(AGeNT)は Java ベースのソフトウェアモジュールで、Agilent SureSelect および HaloPlex ライブラリをシーケンシングすることで生成された、高スループットのターゲットシーケンスデータからのリードシーケンスを処理します。

AGeNT モジュールの Trimmer ユーティリティは、リードシーケンスを処理することで、アダプタシーケンスを同定して除去し、(SureSelect XT HS2 に対し)デュアル分子バーコードを抽出します。

AGeNT モジュールの LocatIT(SureSelect QXT、XT LI および Haloplex HS)と CReaK(SureSelect XT HS および XT HS 2)ユーティリティは、SureSelect および Haloplex HS Illumina シーケンスランからの分子バーコード(MBC)情報を処理します。重複リードをマークまたはマージして BAM ファイル形式で出力するオプションがあります。

※製品はすべて試験研究用です。診断目的にご利用いただくことはできません。

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Details

特長

  • NGS データ処理のための柔軟なコマンドラインツールで構成されており、最小限の設定により Linux シェルのほか、Windows や Mac コマンドラインで実行できます。
  • アジレントのターゲットエンリッチメントライブラリのリードシーケンスを処理し、アダプタシーケンスを同定して除去します。
  • HaloPlex HS、SureSelect XT HS、および SureSelect XT HS2 Illumina シーケンスランからの分子バーコード(MBC)情報を用いた 重複リード。

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仕様

  • 追加のソフトウェア要件
    • Java バージョン 11 以降
    現在のソフトウェアバージョン
    • 3.0
    メモリ
    • ≥ 8RAM GB
    オペレーティングシステム要件
    • RedHat Enterprise Linux 8.0
    • Windows 10 Enterprise
    • macOS Big Sur

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