Feature Extraction ショーケース

Agilent Feature Extractionソフトウェアのショーケース

アジレントのFeature Extractionソフトウェアは、マイクロアレイ画像数値化のためのパワフルなツールで、極めて効率よく高性能な数値化を行うための独自の機能がすべて1つのパッケージに収められています。このショーケースでは、使いやすいグラフィカルユーザーインターフェース（GUI）の一部をご紹介します。

1.	標準バッチ処理の設定	拡大版を見る	Project Explorerにマイクロアレイの画像をドラッグ＆ドロップするだけで、複数の画像を『プロジェクト』という単位で一括バッチ処理することができます。自動割り当て機能を使えば、アレイのレイアウト情報（Design File）と、アジレントマイクロアレイ画像上で実行したい数値化プロトコル（FE Protocol）をリンクできます。

2.	オンタイムバッチ処理の設定	拡大版を見る	標準バッチ処理の他に、オンタイムバッチ処理モードも選ぶことができます。アジレントスキャナで生成したアジレントマイクロアレイ画像を、スキャンが終了したものから次々と自動で数値化します。1日の終わりにスキャナとFeature Extractionソフトウェアを起動させれば、翌朝には数値化処理が完了しています。

3.	数値化プロトコルの作成と保存	Zoom	パワフルなパッケージソフトウェアであるFeature Extractionソフトウェアは、柔軟性の高い数値化プロトコルを搭載しており、それぞれのプロトコルを変更、名前付け、保存、再利用などを実行することができます。

4.	バッチ処理結果のサマリー	拡大版を見る	サマリーレポートをチェックすることで、バッチ処理が完了したことを素早く確認し、個別に確認が必要な箇所を特定できます。

5.	アプリケーションに特化した品質確認（QC）レポートで処理品質を確認	拡大版を見る	QCレポートを使えば、アレイ実験の数値化結果を素早く確認できます。レポートをチェックすることで、イメージ処理結果の信頼性を検証し、マイクロアレイのハイブリダイゼーション/洗浄などに由来する、結果の問題点を検出できます。
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6.	スパイクインデータの検証	拡大版を見る		アジレントスパイクインコントロールの結果をチェックすることで、ラベル化/ハイブリダイゼーション/洗浄の状況をモニタリングできます。

7.	複数アレイのQC評価指標をチェック（オプション）	拡大版を見る	Feature Extractionソフトウェアを使って、よく似た生物学的サンプルを使った実験結果を数値化する場合、複数のアレイで同一の数値化プロトコルが適用されるため、アレイごとの一貫性をモニタリングする必要があります。Feature ExtractionソフトウェアとオプションのQC Chartツールを併用すれば、こうした一貫性のモニタリングが可能になります。

8.	レポート結果のビジュアル表示	拡大版を見る	マウスを合わせるだけで、自動的にフィーチャーの検索や同定の結果が表示されます。