2100 バイオアナライザを用いた Total RNA の品質チェック

Pub.No. 5989-1086EN

Stringent RNA quality control using the Agilent 2100 bioanalyzer （2100 バイオアナライザを用いた Total RNA の品質チェック）

RNA は高次構造をとり、特に rRNA は 2本鎖形成など安定かつ複雑な 2次構造をとる。そのため分解が起こっても高次構造を保ち、native page 分析では分解していないようにみえる場合がある。そのため、バイオアナライザでは泳動前の試料の熱変性により、分解しているものを解離させ、不適切な構造をとる RNA を適切な構造にさせることを推奨している。
ヒト (Jurkat 細胞） RNA の分析を熱変性有無で比較した結果、熱変性により 28S 近傍の小ピーク （RNA の集合体） が消失した。また、ニジマス (rainbow trout) 肝臓組織 RNA では熱変性によりピークパターンがはっきりした。さらに、同じくヒト RNA で同じ条件にて熱変性を行った結果、非熱変性では不明確であった RNA の分解を検出することができた。
植物 RNA 分析例として、大麦 （Hordeum vulgare, barley） と シロイヌナズナ （Arabidopsis thaliana） に関して、葉緑体 （chloroplast） を多く含む組織 （葉 leaf） とそれ以外の組織 （球根 pod、花 flower、芽 shoot、根 root） で比較した例も示した。その結果、葉緑体由来の rRNA (16S, 23S） のピークが細胞質 （cytoplasmic) 25S、18S の前に出現することが確認された。

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