GeneSpring

ライフサイエンス インフォマティクス

GeneSpring

GeneSpring はあなたのオミクスデータに生命を吹き込みます!

GeneSpirng は DNA マイクロアレイによる遺伝子発現解析やゲノム解析を行う生物学者のニーズに特化した強力な解析ソフトウェアです。
デスクトップマシンでインタラクティブに使用でき、解釈が困難と言われるマイクロアレイデータを生物学的に理解することを容易にします。GeneSpirng は、いまや遺伝子発現解析を行うソフトウェアとしてはゴールデンスタンダードと認められており、多くの研究者が GeneSpring を用いて DNA マイクロアレイから統計学的にも生物学的にも意味のある結果を導き出しています。

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特長

  • トランスクリプトーム解析 - 遺伝子発現アレイ、microRNAアレイ、Exonアレイ、その他のテキストデータを解析することが可能です。
  • microRNAの統合解析 - microRNA のターゲット候補遺伝子をTargetScanにより一括で検索し、別途取得したmRNA 発現データを確認することができます。
  • 生物学的な解釈 - 各種フィルタや統計解析でピックアップした遺伝子リストに対して、GO解析、GSEA、GSAを行い生物学的な解釈を行うことができます。
  • パスウェイ解析 - Pubmedの論文からNLP(自然言語処理)機能で自動抽出された独自の相互作用データベースを用い、ユーザーが作成した遺伝子リストに対して、相互作用のある分子を論文情報から検索することができます。
  • ゲノムブラウザー機能 - ゲノムの位置情報が重要なCGH解析やメチレーション解析など 異なるオミクスデータのオーバーレイと、各種公共アノテーショントラックの表示をゲノムブラウザー閲覧することができます。
  • ゲノムコピー数解析 - CNV領域の検出、LOH解析、アレル特異的コピー数変異や複数サンプル間の共通変異領域の抽出を行うことができます。
  • ゲノムワイドアソシエーション解析(GWAS)機能 - 膨大なデータのハンドリングや実験誤差の補正機能・各種フィルタリング機能を搭載し、表現型と関連のあるSNPsやハプロタイプの検出を行います。
  • 拡張性 - GeneSpring の機能を拡張することが可能な Script Editorの搭載、R の統合により R 言語の利用が可能です。
  • GeneSpring Workgroup - 膨大なデータをサーバーで一元管理・保存・メタ解析するにはGeneSpringのServer base solutionであるGeneSpring Workgroupが有効です。
  • 操作法紹介ビデオ

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