Universal Reference RNAs

Universal Human Reference RNA

ヒト、マウス、ラットのマイクロアレイ遺伝子発現に有用なリファレンス用高品質トータルRNA
標準データセットの比較に対してばらつきの無いコントロールとして機能
10種類のヒト細胞株、11種類のマウス細胞株、および14種類のラット細胞株由来で、マイクロアレイ解析に必要な幅広い遺伝子をカバー
大きなロットでの生産と、厳密な品質管理によりロット間のばらつきが最小限

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ヒト、マウス、ラットにおけるユニバーサルなレファレンスRNA

マイクロアレイの解析は、遺伝子間の発現レベルにおける相対的な差の測定に基づくため、レファレンスRNAの選択がとても重要な要素になります。単純な2つのサンプル間の比較なら容易に行えますが、複数の異なるサンプルを比較する際には、各サンプルに共通して使用できるユニバーサルなレファレンスが必要になります。異なる実験や研究室の間で結果を比較、検討する際には特に重要になります。

アジレント(旧ストラタジーン)のユニバーサル・レファレンスRNAは、遺伝子発現データでの正確で再現性のある比較を行う際の比較基準で、多数の研究室で1色法、2色法の双方で、またさまざまなマイクロアレイプラットフォームでレファレンスとして採用されており、多数の文献に引用されています。また、米国食品医薬品局（FDA)によるMicroarray Quality Control Project (MAQC)でも比較基準として使用されており、関連の文献がNature Biotechnologyに掲載されています。本製品は、ヒト、マウス、およびラットのバージョンがあり、それぞれのマイクロアレイ解析に利用することができます。

幅広く遺伝子を網羅し、信頼できる比較基準

本製品は、ヒトでは10種類、マウスでは11種類、ラットでは14種類の細胞株からプールされたトータルRNAの混合物で（Fig. 1)、幅広い遺伝子を網羅しています(Fig. 5, table 1)。したがって本製品単独で全ての実験に共通のコントロールとして使うことが可能で、複数の実験データを容易に比較することができます。

本製品で用いられている細胞株は、大量生産されており、ロット間のばらつきがないよう厳密な品質管理が施されています(Fig. 2)ので、長期にわたる複数の実験でも均一の品質で使用することができます。また、品質が非常に高く、ほとんど分解をうけていません（Fig. 3）。

Figure 2 (A) 異なるbatchのUniversal Human Reference RNAをCy3、Cy5でラベルし、12000スポットのヒトマイクロアレイにハイブリダイズさせた結果のスキャッタープロット。(B)同一batchのUniversal Human Reference RNAをCy3、Cy5でラベルして12000スポットのヒトマイクロアレイにハイブリダイズさせた結果の、self-to-selfスキャッタープロット。いずれのスキャッタープロットも非常によく収束しており、Universal Human Reference RNAのbatch間のばらつきがほとんど無いことが示されました。

Figure 3 Universal Human Reference RNAのAgilent 2100 バイオアナライザーでの解析結果。

実験間比較に有用

本製品は、実験の複雑さに関係なく使用することができます。従来の方法では、各サンプルが未処理の細胞株などのコントロールと共にハイブリダイゼーションされ、その結果をコントロールの結果とのみ比較していましたが、本製品を使うことで、未処理の細胞株と処理をした細胞株のそれぞれをレファレンスRNAと共にハイブリダイゼーションして、それぞれをレファレンスRNAによる結果と比較します（Fig. 4）。このため、実験間の比較や、施設間での比較をより正確に行うことができます。

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Figure 4. Design of a Two-Hydribdization Experiment with Multiple Samples Using Universal Human Reference RNA

Table 2. Data Summary of the Universal Human Reference RNA on the U133A Plus 2.0 Affymetrix GeneChip

Figure 5 Total RNA isolated from 10 individual human cell lines were reverse-transcribed to cDNA, labeled with Cy5 and co-hybridized with Cy3-labeled UHRR onto 43,000-spot cDNA microarrays (Stanford University). The data was analyzed using GeneTraffic software. Approximately 6000-8000 spots out of 43,000 (14-18 %) were flagged on each microarray and excluded from further analysis. Spots with hybridization signals in Cy5 channel higher than 1000 and with Cy5/Cy3 ratio greater than 2 were collected and the number of spots with these characteristics on only one microarray was determined.