RP LC/MSメソッドのメソッド開発

高感度アプリケーション／プロテオミクスアプリケーション

タンパク質およびペプチドの高感度アプリケーションには、キャピラリカラムが使用されます。タンパク質とタンパク質消化物の分離には内径0.5 mmのカラムが用いられ、タンパク質消化物には内径0.3 mmが最も一般的に使用されます。これらの化合物は高pHで水酸化アンモニウム移動相を用いて分析されます。一方、ナノカラム（内径0.1および0.075 mm）は、プロテオミクス応用の2-D LC/MSシステムで頻繁に用いられており、最初の選択肢としては一般的にC18結合相が選択されます。

タンパク質およびペプチドのLC/MS分離には一般的にTFAを使用しません。通常、最初のステップとしてTFAを0.1-1.0％のギ酸に置き換えます。濃度1％までの酢酸を代わりの移動相添加剤として使用することもあります。低Ph領域ではやはり移動相にTFAを添加した場合に最良の分離を得られることが多く、このようなケースではカラムから流出後にプロピオン酸などの別種の酸を使用してTFAFIXを行うことがあります。