染色体異常を検出/Cytogenetics マイクロアレイ


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近年マイクロアレイ技術は、何らかの染色体異常が疑われるにも関わらず、通常の G-band では染色体に異常が検出されない
先天性疾患の原因特定などにおいて有用であることが多く報告されています 1), 2)

   1) Miller, DT., et al., Am J Hum Genet. (2010) 86(5):749-64.
   2) The Year in Human and Medical Genetics 2009: Ann. N.Y. Acad. Sci. (2009)1151: 157–166

アジレント マイクロアレイには、染色体領域に生じる微細な構造異常 (重複、欠失) や LOH、片親性ダイソミーを高精度・高解像度に検出するソリューションがあります。(CGH 原理

CGH マイクロアレイ
テロメア・サブテロメア領域、RefSeq遺伝子領域、癌関連遺伝子を含むゲノム全体をカバー。
遺伝子領域における構造異常をより高解像度に検出

■ SurePrint G3 Human CGH
  マイクロアレイ 1x1M

 

 染色体全体に生じる約 10-20kb< の重複・欠失を明確に検出
 疾患関連遺伝子などにおける微細な構造異常の検出に。
 ※染色体位置上のプローブ間距離:2.1kb (median値、overall )、
   1.8 kb (median値、Refseq genes 領域)

 

■ SurePrint G3 Human CGH
  マイクロアレイ 4x180K
 1枚のスライドガラスにマイクロアレイが 4つ搭載されており、
 実験の効率化と 1アレイあたりのランニングコストの削減を
 実現します。
 染色体全体に生じる約50-100kb< の重複・欠失を明確に検出※※
  ※※染色体位置上のプローブ間距離:13kb (median値、overall )、
     11kb (median値、Refseq genes 領域)

その他、解像度や 1スライドあたりのマイクロアレイの数により、豊富な種類があります。

CGH + SNP マイクロアレイ
CGH プローブと SNP 領域プローブを両方搭載。染色体全体のゲノムコピー数変化と UPD (片親性ダイソミー)、LOH (loss of heterozygosity) の両方を検出。

■ SurePrint G3 CGH+SNP
  マイクロアレイ 2x400K

 

 CGH プローブ数 : 約300,000
 SNP プローブ : 約65,000 SNP領域

 

■ SurePrint G3 CGH+SNP
  マイクロアレイ 4x180K
 CGHプローブ数 : 約120,000
  Probe spacing 
   ISCA マイクロアレイ標的領域
    :5kb (maximum)
     (at least 10-20 probes/region)
   Overall
    :25kb (median)
  SNPプローブ : 約60,000 SNP領域

 SurePrint G3 Cancer CGH+SNP マイクロアレイ 4x180K

 the Cancer Cytogenomics Microarray Consortium (CCMC) デザインのマイクロアレイ

 癌関連 CGH プローブ数: ~20,000
  Probe spacing
   : 1 probe/0.5–1 Kb
    (min. 1 probe/exon, max. 200 probes/gene)
    15 Kb fl anking regions of each gene

 ゲノムワイドCGHプローブ: ~100,000
 SNPプローブ: ~60,000

 500以上の癌関連遺伝子のエクソン・flanking region に加え、新規同定された約130 の癌関連・サブテロメア領域
 にもプローブを配置

 

製品詳細

注意 : CGH+SNP マイクロアレイ解析に必要なソフトウェア、ライセンス、推奨 reference など詳細は下記をご覧ください。
   ・ 各種マイクロアレイ詳細・実験に必要なもの・解析原理・CGH+SNPマイクロアレイデータ解析ソフトウェア特徴
     (アジレントCGH+SNPマイクロアレイ実験の前にお読みください)
   ・ 各種ソフトウェアインストールガイドおよび操作説明書
   ※ ユーザ名、パスワードにつきましては email_japan@agilent.com (電話 0120-477-111) (平日 9:00-18:00) まで
      お問い合わせください。

 

"Agilent SurePrint G3 Microarrays for the Detection of Single Exon Deletions, Uniparental Disomy, and Consanguinity" James R. Lupski, M.D., Ph.D.(Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine)

 

ISCA (International Standards for Cytogenomic Arrays) マイクロアレイ
The International Standard For Cytogenomic Arrays Consortium (ISCA) (診断用マイクロアレイの標準化やDatabase構築を目指した国際コンソーシアム)によりデザインされたカスタムアレイ。テロメア、セントロメア、微細欠失/重複領域、既知ハプロ不全関連遺伝子、X連鎖性精神発達遅滞など約500のターゲット領域をより高解像度に検出。(フォーマット:4x180K、2x105K、8x60K、4x44K)
受注製造マイクロアレイとしてご購入いただけます。

 ISCAマイクロアレイ(CGH、CGH+SNP) リーフレット (PDF)

ISCA論文
   ・Miller, DT., et al., Am J Hum Genet. (2010) 86(5):749-64.
   ・Baldwin, EL., et al., Genet Med. (2008) 10(6):415-29.

 

カスタムマイクロアレイ
eArray のデータベースには 2,800万以上の CGH用プローブおよび約65,000 の SNP用プローブを蓄積。その中から解像度や標的領域
など自由に設定してプローブを選択し、1x1M、1x244K、2x400K、2x105K、4x180K、4x44K、8x60K、8x15K のいずれかのフォーマットでカスタムアレイを作成可能。(1枚からオーダー可能)
 ※CGH+SNP カスタムマイクロアレイは 1x1M、2x400K、4x180K、
   8x60Kのみ

 

アレイ CGH とは
CGH とは比較ゲノムハイブリッド形成 (Comparative Genomic Hybridization) 法を表し、DNA コピー数変化を全ゲノムを対象に調べるための効率的な方法です。

■ CGH原理
被検査試料 (患者からの血液や組織、細胞など) および参照試料 (市販もしくは個人からの正常 DNA など) からゲノム DNA を精製し、それぞれ Cyanin 3、Cyanine 5 で標識後 (1)、マイクロアレイに競合ハイブリダイゼーションします (2)。マイクロアレイ上には公的データベースのゲノム由来の配列構造をもつ 60塩基のオリゴプローブが搭載されており、相補的な配列構造を持つ標識 DNA がそれぞれのオリゴプローブにハイブリダイズします(3)。

■ ゲノムコピー数変化領域の検出(データ解析)
各 60mer プローブから得られる Log2 (Cyanine 5/Cyanine3 比) の値と、その染色体位置情報をもとに、解析を行います。
Agilent Genomic Workbench ソフトウェアCytoGenomics ソフトウェアを使うと、データの可視化、およびアルゴリズムによるコピー数変化を生じたゲノム領域の検出が可能です。その領域に含まれる遺伝子をtextとして出力したり、画面上でUCSCゲノムブラウザにリンクさせることも容易です。

Agilent Genomic Workbench と CytoGenomics の特徴比較、CGH・CGH+SNP マイクロアレイ原理および実験の流れはこちら

 

アジレント CGH・CGH+SNP マイクロアレイのための試薬
アジレント CGH・CGH+SNP マイクロアレイのためにバリデートされたSureTag Complete DNA Labeling KitSureTag DNA Labeling Kit もしくは Genomic DNA Enzymatic Labeling Kit を用いることにより 500ng のゲノムDNA(血液・細胞・組織から調製)から検出可能です。
SureTag (Complete) DNA Labeling Kit を用いた実験に必要なものおよびプロトコルは、下記酵素法(ダイレクト法) のものをご参照ください。

 

プロトコルなど
CGH マイクロアレイ 必要なものリスト
CGH マイクロアレイ 実験操作プロトコル
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